Es una organización privada de interés público, autónoma y sin fines de lucro, con capacidad de ejercer derechos y asumir obligaciones. El Patronato Panamá Viejo está integrado por el Club Kiwanis de Panamá -que lo preside-, el Ministerio de Cultura, la Autoridad de Turismo de Panamá, MetroBank, Fundación RILEMO, Alcaldía de Panamá, la Comisión Nacional de Arqueología y Monumentos Históricos y la Cámara de Comercio, Industrias y Agricultura de Panamá y tiene a su cargo la administración, conservación, mantenimiento, desarrollo y custodia del Sitio Arqueológico de Panamá Viejo.
El Patronato basa su trabajo en un plan maestro para la puesta en valor del Sitio Arqueológico de Panamá Viejo, documento que ha delineado las políticas y planes de acción para su recuperación. Este plan dispone que Panamá Viejo debe ser un parque arqueológico y un centro de actividades científicas, educativas, interpretativas y culturales sin perder su imagen de ruina. Además, promueve que se conserve su entorno natural y cultural, sus capas prehispánica, colonial y moderna, y que se mejore la lectura de la ciudad. La misión del plan de manejo se divide en tres líneas específicas:
conservar la filosofía de “mantener la imagen de ruina”;
resiliencia a las vulnerabilidades y cambios;
atraer al público al sitio arqueológico y dar a conocer sus valores y el trabajo que realiza el Patronato.
En sus años de trabajo esta organización ha consolidado el único proyecto arqueológico de carácter permanente en el país; mantiene un programa de conservación preventiva de los monumentos y otro de conservación y restauración de bienes muebles, gestionó la promulgación de una ley de protección del sitio y su entorno con un régimen urbano especial que, entre otras cosas, creó una zona de amortiguamiento y protección al sitio arqueológico; se logró la construcción de un centro de visitantes con espacio para exhibiciones temporales, oficinas administrativas, laboratorios y una librería; se consolidó la torre de la Catedral, habilitándola como un mirador; se recuperó el Convento de la Concepción y en el Convento de los Jesuitas se creó un espacio como Aula Viva para recibir a estudiantes; se rescató gran parte del trazado urbano de la ciudad, facilitando el recorrido por el sitio; se reubicó la avenida cincuentenario que dividía al sitio en dos y por la que transitaban diariamente, a inicios de este siglo XXI, más de 80,000 vehículos; se ha construido un moderno museo que narra la evolución de Panamá Viejo y en el que se exhiben más de 350 piezas de los períodos prehispánico y colonial; la finca del Conjunto Monumental se delimitó, y se inscribió a nombre del Instituto Nacional de Cultura, hoy Ministerio de Cultura. Se ha dotado al sitio de infraestructura turística, tales como transporte interno, tienda de regalos, iluminación monumental, bancas, estaciones de descanso, cafetería y se mantiene un programa de exhibiciones y uso público.
Con el apoyo de MetroBank se ejecuta un programa educativo que promueve el conocimiento crítico del valor histórico, arquitectónico, arqueológico, patrimonial y natural de este sitio y que propicia la identificación y el sentido de pertenencia con Panamá Viejo.
En materia editorial, el Patronato cuenta con dos publicaciones digitales (Arqueología de Panamá La Vieja- avances de investigación 2001 y 2002), un libro sobre la historia de la ciudad colonial (Castillero 2006), ha reeditado la obra Panamá La Vieja de Juan B. Sosa (2019) y, desde el año 2006, publica anualmente una revista sobre temas patrimoniales denominada Canto Rodado, de la cual se han impreso 15 volúmenes.
Y, por último, pero no menos importante, en el año 2003 logró inscribir Panamá Viejo en la Lista de Patrimonio Mundial, como una extensión del Distrito Histórico de Panamá.
Para el desarrollo de su trabajo cuenta con una Junta Directiva, que es el organismo máximo; con una Dirección Ejecutiva que atiende y dirige la operación diaria del Patronato y es la responsable de la programación, planificación y coordinación a corto, mediano y largo plazo de los distintos proyectos, actividades y tareas que se realizan; y departamentos especializados de arquitectura, arqueología, conservación y secciones de promoción, educación, mantenimiento y contabilidad.